La quinta etapa del rally llevó a la caravana a tierras bolivianas, donde resultó victorioso el Kamaz de Nikolaev
y, Federico Villagra alcanzó la primera posición de la clasificación general con su Iveco. Los holandeses de MAN, Versluis y Stacey se mantuvieron segundo y tercero en la general y el Iveco Trakker de Pep Vila se colocaba en la décima posición.
El piloto checo Aleš Loprais se vió obligado a abandoner el rally, por la rotura de un buje de una de las ruedas delanteras de su Iveco Powerstar.

La sexta etapa contaba con un especial de 542 kilómetros, el más complejo que se había recorrido en la edición 2016 del Dakar, que tenía una parte del tramo exclusiva para camiones. El recorrido partía de la ciudad de Uyuni y llegaba al mismo punto, rodeando el Salar.
El holandés Hans Stacey se hizo con la victoria y con el primer puesto de la general tras supercar al Iveco Powerstar de Gerard de Rooy a pocos kilómetros del final, que quedaba segundo en la etapa y cuarto en la general.
Los siguientes en el orden de llegada fueron los tres Kamaz de Eduard Nikolaev, Dmitry Sotnikov y Andrey Karginov. El checo Kolomy se interpuso con su Tatra entre los camiones ruso, ocupando la séptima plaza, por delante del Kamaz de Mardeev.

La etapa siete constó de 469 kilómetros cronometrados, que camiones y coches pudieron terminar al completo a pesar de las tormentas, no como el recorrido de motos y quads. La especial partió de Uyuni, Bolivia, cruzó la frontera hacia Argentina y finalizó en la ciudad de Salta.
El Kamaz de Nikolaev se hizo con la victoria, seguido del de Mardeev
y del MAN de Versluis, que llegó en tercera posición y se mantuvo en el primer puesto de la general.
Gerard De Rooy ocupó con su Iveco el primer o segundo lugar durante casi toda la jornada, intercambiando la cabeza con su compañero de equipo Petronas, Ton Van Genugten, quien detuvo su Iveco Trakker para ayudar a Villagra a arreglar un pinchazo. Este percance hizo que el piloto holandés terminase sexto, y el argentino décimo.

Pep Vila, con su Iveco Trakker, tuvo una buena jornada y terminó, lo que le lleva a situarse como 12^o en la general.

La octava etapa está formada por 394 kilómetros entre Salta y Belén, dividida en dos tramos, y 373 kilómetros de enlaces.