Los imprevistos de este Dakar 2016 empezaron en la etapa prólogo, que tenía como objetivo marcar las posiciones para la salida de la primera etapa. Sin embargo a mitad del tramo el Mini 360 de la china Guo Meiling se salió de la pista hacia la zona de espectadores causando cuatro heridos, tres de ellos leves, y uno grave.

El prólogo del Dakar 2016 se suspendió inmediatamente tras el accidente, en el que solamente motos y quads habían logrado completar la clasificación.

Los 11 kilómetros de la etapa prólogo fueron neutralizados para los camiones, por lo que en la primera etapa, que unía las ciudades de Rosario y Villa Carlos Paz, salieron en el orden numérico. Las tormentas y la capa de nubes bajas y densas impidieron que los vehículos aéreos que dan soporte a la prueba despegasen, mientras que a lo largo del recorrido de la especial se esperaban lluvias torrenciales y avenidas de agua. Los camiones, que ni siquiera habían salido del vivac de Rosario, se dirigieron directamente hacia la meta de la jornada por la ruta destinada a los vehículos de asistencia. Por todo esto, la clasificación de los camiones se quedó en blanco.

En la segunda etapa se tuvieron que recortar más de 90 kilómetros del recorrido original, también por el mal tiempo. El kilometraje de la especial para los camiones pasó de algo más de 500 kilómetros estipulados a 386.
El vencedor en camiones fue el holandés Hans Stacey, del equipo Eurol Veka MAN, que también consiguió la segunda posición de la tabla para el holandés Versluis. Gerard de Rooy llegó tercero y el Tatra de Kolomy cuarto, seguido de tres Ivecos.

En la tercera etapa los camiones la especial se recortó una tercera parte por las lluvias torrenciales, que dejaron la parte final de la especial impracticable para los camiones. Antes de empezar, pasó de 314 kilómetros a unos 200, y finalmente se quedó en la mitad de la mitad. Algunos vehículos se quedaron atrapados superado el segundo punto de control de paso, lo que hizo que la organización sólo tomara los tiempos conseguidos en el primer control para determinar el vencedor de la jornada, que fue el checo Kolomy con su Tatra.

La segunda posición fue para el MAN de Stacey, mientras que el argentino Villagra, integrante de la escuadra Iveco, se hizo con la tercera plaza.

La cuarta etapa ha sido la primera en celebrarse tal y como estaba previsto. Formada por un bucle de 429 kilómetros de especial y 200 de enlace con salida y llegada en la ciudad de Jujuy. El triunfo se lo adjudicó Gerard de Rooy con su Iveco Powerstar, seguido de sus compatriotas holandeses Versluis y Stacey, ambos al volante de un MAN. Una penalización de dos minutos para Stacey le ha privado del liderato de la prueba, que ha pasado a su compañero de equipo Versluis.

La quinta etapa transcurrirá entre Jujuy y Uyuni, donde se rodarán por los primeros tramos fuera de pista y se llegará a Bolivia. Todas las categorías disputarán una especial de 327 kilómetros con 314 de enlace.