El uso del maíz, el trigo, la remolacha o la colza para elaborar biocombustibles es el principal problema que tienen los operadores de biocombustibles. Diversos estudios ponen de manifiesto que el uso de este tipo de cultivos pone en peligro la seguridad alimentaria, aumenta el precio de los alimentos y contribuye a acelerar el cambio climático.

Previamente a la aprobación de esta Directiva, el límite del uso de biocombustibles para el transporte estaba en el 5% (propuesto por la Comisión Europea). Según los expertos, si no se hubiera elevado el porcentaje, no se podría cumplir el objetivo de que el 10% del combustible usado para el transporte en 2020 proceda de fuentes renovables.

Además, la Unión Europea ha decidido no tener en cuenta el cambio indirecto del uso de la tierra en el cómputo de emisiones de gases de efecto invernadero, aunque los proveedores de combustible tendrán que informar cada año a los Estados de las emisiones indirectas de los biocarburantes que comercializan.