Según fuentes Ministerio, el hecho de que haya una única Secretaría de Estado, permite una mayor coordinación, mientras que las dos Secretarías Generales facilitan una planificación eficaz y un mejor desarrollo de la gestión en las áreas de infraestructuras y transporte, que a su vez garantizan el imprescindible nivel de interlocución con los sectores económicos interesados, las Administraciones Públicas territoriales, la propia organización de la Administración General del Estado y los organismos internacionales.
El Ministerio de Fomento se estructura en los siguientes órganos superiores y directivos:
1. Secretaría de Estado de Planificación e Infraestructuras de la que dependen los siguientes órganos directivos:
- Secretaría General de Infraestructuras, con rango de subsecretaría, de la que dependen entidades fundamentales para el sistema general del transporte español como ADIF (Administrador de Infraestructuras Ferroviarias), FEVE (Ferrocarriles de Vía Estrecha), CEDEX (Centro de Experimentación de Obras Públicas) o la consultora pública INECO. Incluye también una dirección general de Carreteras y una dirección general de Ferrocarriles destinadas a la planificación, proyecto y construcción de las vías de comunicación terrestre propias de cada ámbito. La Dirección General de Carreteras, gestionará también las tareas de conservación y explotación de sus redes.
- Secretaría General de Transporte, con rango de subsecretaría, de la que dependen el ente público Puertos del Estado, AENA, RENFE o la sociedad de salvamento marítimo SASEMAR, dispone de tres direcciones generales destinadas a la ordenación del sector del transporte en cada uno de los modos existentes. Así, la Dirección General de Aviación Civil, la Dirección General de la Marina Mercante y la Dirección General de Transporte Terrestre se ocuparán de establecer y aplicar el marco normativo en el que debe desarrollarse el transporte de pasajeros y mercancías en sus respectivos ámbitos.
- Dirección General de Arquitectura, Vivienda y Suelo.
2. Subsecretaría de Fomento: como centro directivo que presta servicios comunes al conjunto del Ministerio, a cargo de Mario Garcés Sanagustín.