En el sector del transporte, mientras que 2015 fue el año de la aviación, 2016 es el año de la carretera y la descarbonización. En el capítulo dedicado a la energía, el programa de trabajo señala que la Comisión va a llegar a una propuesta de reparto de los esfuerzos de los sectores fuera del régimen de comercio de emisiones (ETS), como edificios, agricultura y la descarbonización del transporte.

Así, se pretende promover el uso no discriminatorio de la carretera, con esquemas de cargas basado en "el que contamina, paga" y los principios de "el usuario, paga", así como los esfuerzos para crear un espacio único europeo de transporte, lo que permite un uso más eficiente de la infraestructura vial existente y un uso más flexible de la capacidad de la flota de transporte.

Respecto al mercado interior, el programa de trabajo se refiere al transporte por carretera a la hora de "eliminar las barreras jurídicas y técnicas de acceso al mercado de transporte, así como fortalecer el cumplimiento de la legislación social aplicable".